Iako je EES zamišljen kao efikasan sistem za kontrolu granica, u praksi se suočava sa sporom obradom putnika i tehničkim problemima.

Iako je sistem EES, odnosno sistem za registraciju ulaska i izlaska na granicama Šengena, pompezno najavljen kao rješenje koje će ubrzati i olakšati prelazak granica, u praksi se pokazuje da njegovo funkcionisanje ide znatno sporije i uz više poteškoća nego što je prvobitno planirano.

Najveći problemi bilježe se na spoljnim granicama EU, a među najpogođenijima je Hrvatska, koja je za mnoge građane Srbije i regiona glavna tranzitna ruta ka Evropskoj uniji.

Na pojedinim graničnim prelazima zabilježene su velike gužve, dok obrada jednog putnika u pojedinim slučajevima traje i više od tri minuta, što dodatno usporava protok saobraćaja.

Iako se očekuje da će se situacija vremenom stabilizovati, posebno kada većina putnika bude ranije registrovana u sistemu, dio stručnjaka ukazuje da je ključni problem u složenosti implementacije i načinu na koji su podaci povezani između država članica.

Kao i u brojnim drugim EU projektima, ističe se izazov decentralizacije i različitih modela primjene zajedničkih pravila na nacionalnom nivou.

Zabrinutost zbog Hrvatske
Građani Srbije posebno su zabrinuti zbog primjene sistema u Hrvatskoj, imajući u vidu da najveći broj putnika iz regiona upravo preko te zemlje ulazi u šengenski prostor.

U praksi, to znači da bi svako zadržavanje na hrvatskim prelazima moglo direktno da utiče na putovanja i ljetnju turističku sezonu u cijelom regionu.

Prema informacijama iz Hrvatske, iako su tamošnje vlasti uložile značajne napore da sistem funkcioniše što efikasnije, u početnoj fazi primjene došlo je do zagušenja i tehničko-organizacionih problema.

Zvaničnici su ranije očekivali da će Hrvatska biti primjer uspješne implementacije, ali su se nakon pojave gužvi ambicije i očekivanja djelimično korigovali.

Nezvanični izvori navode da problem nije isključivo u nacionalnoj implementaciji, već i u načinu na koji je sistem tehnički osmišljen, posebno u dijelu koji se odnosi na uvezivanje podataka i sam proces njihove obrade na granicama.

Prema ranijim procjenama Evropske komisije, graničnim službenicima trebalo je manje od jednog minuta po putniku za obradu podataka.

Međutim, praksa je pokazala da taj proces često traje i više od tri minuta, što dovodi do stvaranja kolona i zastoja, posebno na prometnim prelazima u ljetnjim mjesecima i u periodima turističke sezone.

Unapređenje sistema
Iz Evropske komisije ističu da je EES sistem u prvim mjesecima rada doprinio boljoj kontroli granica Evropske unije, uz značajno smanjenje broja ilegalnih ulazaka.

Prema njihovim podacima, u prvih šest mjeseci registrovano je više od 66 miliona ulazaka i izlazaka, dok je oko 32.000 osoba kojima nije bio dozvoljen ulazak dobilo zabranu.

Ipak, u Briselu se indirektno priznaje da izazovi i dalje postoje, pa je najavljeno da će u narednom periodu fokus biti na unapređenju sistema, rješavanju preostalih tehničkih poteškoća i jačanju operativne spremnosti.

U planovima Evropske unije za naredni period posebno se izdvaja dalja digitalizacija graničnih procedura, kao i priprema zakonodavnog prijedloga kojim bi se dodatno unaprijedilo digitalno upravljanje migracionim i povratnim procesima, uz smanjenje administrativnog opterećenja za nacionalne vlasti